口袋妖怪珍珠攻略一周目：

设置好自己名字与朋友（对手）名字后游戏开始；下楼与妈妈对话；
离开家前往左上带有信箱的房子遇到对手触发对话；
再进入房子上二楼触发对话，然后离开房子；
从上方离开小镇往左方向到达心齐湖边触发剧情；
选择御三家宝可梦进行战斗；
消灭野生宝可梦后回小镇路上触发剧情；
剧情回到家后获得跑步鞋，直接前往右侧到达真砂镇触发剧情；
与博士对话后获得图鉴，离开研究所回到家里和妈妈对话获得冒险笔记。
获得宝可表&破旧鱼竿
从真砂镇上方前进到达祝庆市；中途进入捕获教学；
祝庆市进入训练家学校与黑板旁对手对话后获得城镇地图；
往祝庆市上方前进，寻找三个小丑对话回答问题正确获得三个兑换券后和大叔对话获得宝可表（小丑分别在道具店旁、电视台门前，左侧宝可表公司门前）；
祝庆市左侧218号道路中间和钓鱼大叔对话可以获得破旧鱼竿。

黑金市宝可梦道馆
从祝庆市右侧203号道路前进会遇到对手触发对战；
继续前进进入山洞黑金闸口，入口处大叔获得招式学习器98“碎岩”，右侧出口到达黑金市。
寻找黑金馆主
往黑金市下方来到黑金灰坑，在黑金灰坑深处与红色安全帽的人对话后就能进入道馆了，回到黑金市进入道馆挑战馆主瓢太，获胜后获得煤炭徽章可以场景使用碎岩了，同时获得招式学习器76“隐形岩”；
在黑金市道具店左边房间内可以用腕力交换凯西；
到黑金闸口上方碎石开路到达下层，右侧的道具获得招式学习器70“闪光”（后续会用到）。
山谷发电厂
回到祝庆市，往204号道路前进触发剧情，击败两个银河队成员；
从204号道路达上方花苑镇，在花花世界花店里左侧女孩对话获得可达鸭喷壶；
前往右侧山谷发电厂与门前的银河队的人对话进入战斗；
回到花苑镇左上角森林入口内，花苑花田触发剧情，打败两个银河队获得发电厂钥匙；
回到发电厂进入里面打败银河队干部伙星；
击败银河队后发电厂人员会告诉你在发电厂外面每周五都会出现飘飘球，如果你刚好在这周五时间内到达这个剧情的话是不会出现要到下周五才会出现（是否可以改时间让它出现待定）。
前往百代市
从205号道路往上走，到达上方205牌左侧森林入口进入百代森林；
在百代森林与芽米组队，往右侧上方前进从到达百代市；
百代市宝可梦中心上方路上遇到竹兰获得招式学习器93和“居合劈”；
宝可梦中心右侧房子里与老人对话获得探险套装，然后进入教学，Y键回到地面；
商店右侧的百代公寓内小孩对话可用泳圈鼬交换聒噪鸟。
百代市道馆
商店下方挑战百代市宝可梦道馆，进入道馆内找到四处隐藏的训练师后才能挑战馆主，现在左上角处找到迷你裙丽莎，击败训练家后会给你下一个人位置的提示；
按照提示找到全部训练师击败后挑战馆主，击败馆主后获得森林徽章和招式学习器86“打草结”，现在可以在场景使用居合劈砍树了。
获得自行车
砍掉宝可梦中心上方的树木进入百代大楼，到达顶层击银河队败干部岁星救出自行车老板；
前往百代市人力自行车店与老板对话获得自行车。
※支线选做 迷幻洞窟
从百代市下方离开到达206号道路，自行车出来后，砍掉右侧的树往前进，进入上方迷幻洞窟，洞窟内使用闪光技能去掉黑影，洞窟右上一路碎石到达深处，找到红发妹子麦儿对话组队，带她离开洞窟。
前往家缘市
207号道路遇上主角获得对战搜索器，然后往右侧走进入山洞，右走穿过天冠山；
208号道路下图位置NPC对话获得楔石，往右走到达家缘市；
在宝可梦发烧友俱乐部里和老人对话获得宝芬盒；
来到华丽大赛会场，与门口的紫发道馆馆主梅丽莎对话，进入会场触发剧情在妈妈那边获得礼裙（目前暂时无法挑战家缘市道馆）；
然后往右侧209号道路方向走去，钓鱼大叔往下走会碰到对手触发对战；
进入209号道路前，与大叔对话可以获得一枚宝可梦蛋（小福蛋）；
209号道路右边桥上的钓鱼大叔对话可以获得好钓竿。
※支线选做 抓获花岩怪
往右侧前进，在石井一样的地方放入楔石，这里可以出现抓获LV25花岩怪（需要使用探险套装在地下大洞窟和32人对话后才能触发）。
迷失塔获得秘传怪力
然后前往上方的石塔 迷失塔，到达塔顶和老奶奶对话获得招式学习器96和秘传“”怪力”。
※支线选做 未知图腾解密&收集
上方来到随意镇，宝可梦中心右上位置往右前进可到达随意遗迹，在随意遗迹内调查石板可以获得正确前进的位置，石板会以未知图腾的方式告知前进方向，所以需要对照未知图腾对应的英文字母翻译，如下图=TOP RIGHT，意思为右上。第二层与小孩对话后可在遗迹外的房子里获得贴纸，抓获全部未知图腾形态可在小孩那换取对应的贴纸。
帷幕市道馆
随意镇往上前进从210号道路的山间小屋咖啡馆右侧前进来到帷幕市（山间小屋咖啡馆左上的可达鸭挡路暂时无法前进）；
直接挑战帷幕市宝可梦道馆馆主阿李，这里需要推动墙才能到达馆主面前，击败馆主后获得铺石徽章，现在可以场景使用飞翔传送了，同事获得招式学习器60“吸取拳”；
离开道馆遇到主角，前往上方仓库区附近和主角对话进入双人战斗，击败银河队后进入仓库，两个箱子中间获得招式学习器94“飞翔”。
野原市道馆
往帷幕市下方来到214号道路，从这里往下走到海边往右走到达野原市，直接挑战野原市道馆；
野原市道馆需要踩下机关控制水位到达馆主面前，击败馆主获得湿地徽章和招式学习器55“盐水”；
到宝可梦中心右上的野原大湿地，花钱进去和门口右侧的绿发女子对话获得招式学习器97“清除浓雾”，现在就可以在场景使用清除浓雾秘传了。
追踪可疑银河队
与野原大湿地展望台大门右边的银河队对话，追踪他第二次对话在213号道路前对手出现进入战斗；
继续追踪银河队，在213号道路海边发现与他对话，然后在立志湖畔继续和他对话，再追他一次就会进入战斗；
战斗后往上走直接遇到竹兰对话获得秘传之药。
前往神和镇
用飞翔飞回到随意镇，往上走到达210号道路的山间小屋咖啡馆，与左侧的可达鸭们互动使用秘传之药开通新道路，然后竹兰出现获得古代护符；
继续往上走前往神和镇，在210号道路上方都是大雾，使用秘传清除浓雾即可；
在神和镇遗迹前与银河队的人对话进入战斗，击败银河队后老奶奶出现把古代护符交给老奶奶；
进入遗迹调查石板后获得招式学习器95和秘传“冲浪”。
家缘市道馆
用飞翔飞到家缘市去挑战道馆；
家缘市宝可梦道馆这里根据木牌的问题选择走正确的答案到达馆主面前（当然你也可以故意进错吧全部训练师挑战完），击败馆主梅丽莎获得遗迹徽章解锁冲浪和招式学习器65，现在可以在场景使用冲浪走水路了；
前往水脉市
离开道馆触发剧情，然后飞翔到达祝庆市，往左侧218号道路冲浪走水路到达水脉市；
水脉市路上会遇到山梨博士的助手强化了图鉴；
水脉市宝可梦中心左侧大桥上会遇到对手进入战斗。
※支线选做 钢铁岛获得利欧路的蛋
道馆下方和水手对话坐船刀片钢铁岛，进入山洞往右侧前进到达下层，下层往左进入遇到亚玄，组队一起行动后，继续往这个区域下方前进遇到银河队的人，击败他们后亚玄会送你利欧路的蛋。
水脉市道馆
直接前往水脉市宝可梦道馆挑战馆主东瓜，这里需要升降机走到最顶端，击败馆主冬瓜获得矿山徽章，场景可以使用怪力了同时获得招式学习器91“加农光炮”。
湖之传说事件
离开道馆遇到对手，对话后前往水脉市图书馆，来到图书馆三楼触发对话，然后离开图书馆继续进入对话；
飞往帷幕市前往立志湖畔，前往立志湖畔中间的洞穴内击败银河队干部镇星；
然后飞回双叶镇前往心齐湖，帮助主角击败银河队和干部红发妹子伙星。
雪峰市道馆
飞往神和镇，从神和镇左侧211号道路进入天冠山，从天冠山上方前进到达雪地216号道路，直接往右前进然后来到暴雪区217号道路，上方小屋旁边获得招式学习器100“攀岩”；
继续往上前进到达睿智湖畔，暂时不理湖畔堵路的银河队，前往右侧的雪峰市挑战道馆；
雪峰市宝可梦道馆这里是个溜冰场，需要利用滑冰距离惯性破坏中间堵住的雪球到达馆主面前，击败馆主获得冰河徽章，场景可以使用攀岩了，同时获得招式学习器72“雪崩”；
雪峰市左上屋子里黄发女生可以用恰雷姆交换到一只携带不变石的鬼斯通。
获得银河队钥匙解救宝可梦
前往睿智湖畔触发剧情，对话后飞往帷幕市；
前往帷幕市右侧上方的银河帷幕大楼，卫星发射器旁与银河队对话获得仓库钥匙；
前往另一边左上的银河仓库，使用钥匙打开门进入内部，到达底层获得银河队钥匙（直接往右走上楼到达两传送地方往左传送，第二次传送上楼后往左传送顺着前进就能到达钥匙地方）；
获得钥匙离开仓库，前往银河帷幕大楼内用钥匙打开里面的门到达顶楼击败银河队老大赤日获得大师球；
继续往右侧传送点前进，击败实验室里的镇星，然后按下按钮接解救宝可梦。
天冠山枪之柱神兽事件
离开大楼飞往黑金市，从黑金市上方到达207号道路进入天冠山，从入口处走水路利用冲浪和攀岩到达右上方前进，山外雪地处往左侧的山洞进入继续前进；
到达山顶枪之柱触发剧情封面神兽出现，紧接着对手过来帮忙进入双人对战，击败银河队干部伙星和岁星；
击败干部后进入剧情，剧情后击败赤日；
前往封面神兽面前进入战斗（击败捕获均可），战斗结束后神兽后方可获得道具金刚宝珠或白玉宝珠。
「帝牙卢卡LV47 or 帕路奇亚LV47」
※选做 湖之传说宝可梦
剧情后三神兽由克希（睿智湖畔）、艾姆利多（心齐湖畔洞穴内）、亚克诺姆（立志湖畔洞窟）回到了原来的地方可以前往捕获。
滨海市道馆
离开天冠山枪之柱到达下层山外可以使用飞翔，飞往目的地滨海市靠近的城市；
从立志湖畔右侧222号道路到达滨海市，遇上四天王；
对话后直接到滨海市右下位置的导航灯塔，通过上方玻璃道路到达，灯塔内与用着望远镜的黄发男子对话，然后就能去挑战滨海市宝可梦道馆了；
滨海市宝可梦道馆，内需踩下机关旋转齿轮搭路前进到达馆主面前，击败馆主电次获得灯塔徽章，场景可以使用攀瀑和获得招式学习器57“充电光束”。
宝可梦联盟挑战四天王
在道馆右下方海边妹子阿蜜获得招式学习器99“攀瀑”，直接冲浪走223号水路往上前进到达宝可梦联盟；
正要进入联盟时对手出现进入对战；
进入联盟挑战四天王，最后击败冠军竹兰，游戏一周目结束。

口袋妖怪珍珠攻略二周目：

1、开始是直接在家里，下楼妈妈就通知我们阿大要我们去雪峰市坐船，要我们赶过去，不过在此之前我们先去一趟真砂镇，在那里遇到小光，说神和镇的长老有东西要给我们。
2、我们现在飞过去吧，也就是中间很大的屋子，进入跟长老对话，给了我们一本书，记载着帕路奇亚，其实也就添加个图鉴而已。
3、然后前往祝庆市的宝可表公司，找到社长获取追加应用，接下来就知道三圣菇的下落了。
4、飞到家缘市右边的绿色屋子，妹子NPC送了一只伊布给我们。
5、第一个是前往立志湖洞穴，在那里会看到亚克诺姆，想捕捉就捕捉吧，我们最重要的目的是收集图鉴，看到就算纳入图鉴了。
6、第二个是艾姆利多，是在双叶镇的心齐湖那里，不过它突然消失了，山梨博士也跟着过来，教导我们如何使用标记地图应用，有了这个追踪功能，就方便多了。
7、第三个是在睿智湖的由克希，这样基本就凑齐了图鉴了。如果玩家在一周目都有跟训练师对战的话，就基本没差图鉴了，如果有漏的话可能就就是102聒噪鸟和117乌波了。
8、102聒噪鸟是在212道路的绅士对战，而117的乌波则是野原市的大湿地，花费500去野外遇见。
9、收集完全部图鉴之后就去真砂镇的山梨博士研究所，交谈之后大木博士也过来了，这下子就把神奥图鉴升级为全国图鉴了，还说了玫瑰公园已经建好了，就在221号道路。
10、出研究所门口会遇到瓢太，说所有道馆主都会在自己的道馆等着你去挑战，跟小光说话，说要去家缘市的妹妹聊天，就在下方，她妹妹说最近有大量宝可梦出现。
11、晚上8点，如果还没到8点的话，就去switch设置，然后去百代森林。
12、遇到菜种，我们劈开小树进入森之洋馆。在2楼的第二间房间敲打下电视，会出现洛托姆。
13、前往雪峰市坐船，来到战斗区，一下船就遇到了阿大，说我们迟到了，要罚款1个亿，然后要在这里去挑战最强的训练师，旁边有个头发红黄的精神小伙来说他就是这里最强的，但他要先去火山，阿大却要先去对战塔。
14、上面找到钓鱼的NPC，可以获得厉害钓竿。
15、一直往右边走，从230水路出发，一直到达228，这里都是沙尘暴，走过这里就会来到了227道路了，在这里会看到阿大和吉宪，他要去严酷山了，我们也跟上去吧。
16、在这里就要利用自行车走单桥过去，在那里会看到麦可，然后交谈一下就走了。
17、在里面推动一些石头，在一个小洞口那里看到了阿大，原来他被那个麦可给打败了。
18、跟麦可一起行动，因为这里的训练师有点强，这里都是双人战斗的，加上因为跟麦可一起，我们无法使用攀岩。由于无法攀岩，只能走楼梯，所以我们能走的路就只有单一的了，这里就不列举出来怎么走了，直接按照2选1的路走到上面的尽头就到了。
19、迷宫依旧非常简单，在一个洞口里面进入，麦可拿到了火山镇石的时候，就发生了摇晃，我们赶紧出去吧。
20、飞到生存区，宝可梦中心左边的房间，然后去麦可的家找他，就是因为他拿走了火山镇石才发生地震了，我们这次来到的目的就要他还回去。现在去严酷山那个地方就可以遇到席多蓝恩了，这边就不展示怎么捕捉了，有需要的玩家就前往刚才的洞窟就行了。
21、来到帷幕市的214号道路，往下走会进入隐泉之路，再走到送行之路。绕道后边能进去归途洞窟，走法很简单，只要走过3个柱子就可以找到骑拉帝纳了。这边也可以使用清除浓雾这个技能，这些浓雾就能消失得一干二净了，看起来也比较清晰。

以上就是口袋妖怪珍珠攻略的全部内容了，珍珠的3神就这样全部获得了，掌握着空间时间以及反世界的三只强大的神兽就是你的囊中之物了，在这个地区的旅行也就告一段落了。